package de.ipk.ag_ba.plugins; import iap.blocks.data_structures.ImageAnalysisBlock; import java.util.Collection; import org.graffiti.plugin.GenericPlugin; import de.ipk.ag_ba.commands.experiment.view_or_export.ActionDataProcessing; import de.ipk.ag_ba.datasources.DataSource; import de.ipk.ag_ba.gui.interfaces.NavigationAction; import de.ipk.ag_ba.gui.util.ExperimentReference; import de.ipk.ag_ba.plugins.pipelines.AnalysisPipelineTemplate; /**  * IAP extension API. Use AbstractIAPplugin to more easily provide a subset of all possible new  * feature types.  *   * @author Christian Klukas  */ public interface IAPplugin extends GenericPlugin {      /**    * @return A list of NavigationAction commands, which is shown to the user    *         in the beginning and after clicking 'Start'.    */   public NavigationAction[] getHomeNavigationActions();      /**    * @return A list of remote data source providers for pathways, web-links or other    *         types of datasets.    */   public DataSource[] getDataSources();      /**    * Override this method to provide the system information about a list    * of known ImageAnalysisBlocks. While arbitrary blocks may be specified by the user,    * the blocks should also be made available to the IAP tool using this methods.    * The information will is used to provide the user with a list of known analysis blocks.    *     * @return A list of image analysis blocks.    */   public ImageAnalysisBlock[] getImageAnalysisBlocks();      /**    * @param experimentReference    *           Experiment data set (reference), the particular command will    *           work on the given data.    * @return A list of NavigationAction commands, which may process the particular experiment    *         data set. The commands are shown once a experiment is loaded.    */   public ActionDataProcessing[] getDataProcessingActions(ExperimentReference experimentReference);      /**    * @param experimentReference    *           Experiment data set (reference), the particular command will    *           work on the given data.    * @return A list of NavigationAction commands, which may process the particular experiment    *         dataset. The commands are shown after the user clicks the Tool command when a experiment is loaded.    */   public ActionDataProcessing[] getDataProcessingTools(ExperimentReference experimentReference);      /**    * Override this method to provide help text(s), displayed by the settings editor for a specific    * settings group.    *     * @param iniFileName    *           The settings iniFile or null, if this variable should not be decisive for the filtering.    * @param section    *           The settings section or null, if this variable should not be decisive for the filtering.    * @param setting    *           The setting for which help is returned.    * @return Null (no custom help), or one or more setting text paragraphs. You may use HTML tags, to format the help text.    */   public Collection<String> getHelpForSettings(String iniFileName, String section, String setting);      /**    * Override this method to provide additional analysis templates to the user. These templates    * are automatically saved and may be modified by the user. A stored template (.pipeline.ini) file    * will not be updated or changed, if the add-on for a plugin provides a new version of a template.    *     * @return A list of templates (containing a block list, a pipeline name and description, which will be    *         available to the user.    */   public AnalysisPipelineTemplate[] getAnalysisTemplates(); }